Thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Công văn số 489/CP-KTTH ngày 4/6/2001 của Chính phủ về việc xử lý phạt chậm nộp các khoản thu ngân sách đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu; Nhằm góp phần tháo gỡ khó khăn cho các doanh nghiệp, đảm bảo thực hiện đúng quy định của các luật thuế; Bộ Tài chính hướng dẫn việc phạt chậm nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng (dưới đây gọi chung là thuế), thu chênh lệch giá đối với hàng hoá xuất nhập khẩu như sau:

1. Không xử lý phạt chậm nộp thuế và thu chênh lệch giá đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu:

1.1. Doanh nghiệp xuất nhập khẩu hàng thuộc diện được xét miễn thuế, giảm thuế nếu xuất trình được văn bản miễn thuế, giảm thuế của cơ quan có thẩm quyền sẽ không bị tính phạt chậm nộp tương đương với số thuế được miễn, giảm.

1.2. Doanh nghiệp có hàng hoá xuất nhập khẩu, nhưng số thuế phải nộp ở khâu xuất khẩu, nhập khẩu được thực hiện ghi thu - ghi chi qua ngân sách hoặc ngân sách cấp tiền để nộp thuế thì không tính phạt chậm nộp thuế. Doanh nghiệp phải xuất trình cho cơ quan Hải quan giấy báo có và lệnh thu ngân sách do Bộ Tài chính phát hành.

1.3. Doanh nghiệp có hàng hoá nhập khẩu còn trong sự giám sát của cơ quan Hải quan, nhưng bị cơ quan chức năng tạm giữ để điều tra sẽ không bị phạt chậm nộp kể từ ngày hết hạn nộp thuế theo thông báo của cơ quan Hải quan đến ngày cơ quan chức năng có văn bản cho phép giải toả, nhận hàng. Thời hạn nộp thuế nhập khẩu được thực hiện theo quy định của Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và được tính từ ngày cơ quan chức năng có văn bản cho phép giải toả nhận hàng.

1.4. Doanh nghiệp có sai sót trong việc ghi chứng từ nộp thuế dẫn đến tổng số thuế đã nộp đủ vào ngân sách nhưng giữa các khoản thuế phải nộp tại khâu xuất khẩu nhập khẩu có khoản thừa, khoản thiếu; Doanh nghiệp đã chuyển tiền nộp đủ tiền thuế nhưng do sai sót ghi nhầm số tài khoản, tên kho bạc, tên cơ quan Hải quan hoặc do ngân hàng chuyển nhầm tài khoản làm cho tiền thuế không nộp đúng hạn (có xác nhận của ngân hàng).

2. Miễn phạt chậm nộp thuế và khoản thu chêch lệch giá đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trong các trường hợp:

2.1. Doanh nghiệp kinh doanh xuất nhập khẩu trong 2 năm 1999 và 2000 không vi phạm thời hạn nộp thuế theo quy định tại các Luật thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu - không nợ tiền thuế và tiền phạt chậm nộp thuế (trừ các lô hàng thuộc diện được xét miễn thuế; ghi thu, ghi chi tiền thuế; ngân sách cấp tiền để nộp thuế), nếu từ 1/1/2001 đến 31/8/2001 có phát sinh tiền thuế nợ đọng nhưng đã nộp trước ngày 31/8/2001 thì doanh nghiệp được miễn tiền phạt chậm nộp tương ứng với số tiền đã nộp của từng tờ khai Hải quan.

2.2. Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để trực tiếp sản xuất, lắp ráp sản phẩm, nếu doanh nghiệp đã nộp tiền thuế nợ đọng trước ngày 31/12/2000 thì được miễn tiền phạt chậm nộp tương ứng với số tiền thuế đã nộp của từng tờ khai Hải quan.

2.3. Đối với số tiền thuế thuộc diện truy thu, chuyển nợ theo hướng dẫn tại Thông tư liên tịch số 06/1999/TTLT-BTC-TCHQ ngày 15/1/1999 của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan nếu doanh nghiệp đã nộp tiền thuế truy thu, nợ đọng trước ngày 30/6/2001 thì được miễn tiền phạt chậm nộp tương ứng với số tiền thuế đã nộp của từng tờ khai Hải quan.

2.4. Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu (có Tờ khai hàng nhập khẩu nộp cho cơ quan Hải quan trước ngày 31/12/2000) nhưng doanh nghiệp không xuất khẩu được hoặc chỉ xuất khẩu được một phần lượng hàng theo hợp đồng do phía nước ngoài huỷ hợp đổng, thì trong vòng 30 ngày kể từ ngày phía nước ngoài thông báo việc hàng không xuất khẩu được trong thời gian nộp thuế (275 ngày), doanh nghiệp đã kê khai và nộp thuế với cơ quan Hải quan thì miễn phạt chậm nộp thuế.

3. Cục Hải quan địa phương vẫn tiến hành làm thủ tục xuất nhập khẩu đối với các doanh nghiệp thuộc diện bị cưỡng chế đối với các trường hợp đã nêu lại Công văn số 4244 TC/TCT ngày 26/8/1999 của Bộ Tài chính; Doanh nghiệp nhập khẩu máy móc, thiết bị, vật tư thuộc loại trong nước chưa sản xuất được để trực tiếp đưa vào sản xuất hoặc tạo tài sản cố định của doanh nghiệp. Cơ quan Hải quan căn cứ Danh mục máy móc, thiết bị, vật tư thuộc loại trong nước đã sản xuất được do Bộ Kế hoạch và Đầu tư ban hành để tiến hành xử lý cụ thể. Thời điểm xác định đã nộp thuế để xử lý phạt hoặc không phạt chậm nộp thuế là ngày doanh nghiệp nộp tiền vào kho bạc theo giấy nộp tiền (nếu nộp trực tiếp bằng tiền mặt) hoặc ngày ngân hàng đã làm thủ tục chuyển tiền từ tài khoản của doanh nghiệp cho cơ quan Hải quan (nếu nộp qua ngân hàng). Cơ quan Hải quan địa phương căn cứ vào số tiền thuế nợ đọng đã nộp, thời điểm nộp thuế nợ đọng và đề nghị của doanh nghiệp để xử lý miễn phạt hoặc không phạt chậm nộp thuế.

Đối với các trường hợp nêu tại điểm 1.1, 1.2, 1.3 của Công văn này, nếu đã nộp khoản tiền phạt chậm nộp vào ngân sách thì được cấn trừ vào số thuế phải nộp của kỳ sau hoặc hoàn trả trực tiếp từ ngân sách theo quy định tại Thông tư số 25/2000/TT-BTC ngày 30/3/2000 của Bộ Tài chính.

Tổng cục Hải quan chỉ đạo hướng dẫn Cục Hải quan các địa phương giải quyết không tính phạt, miễn phạt hoặc hoàn lại tiền phạt theo hướng dẫn trên và hàng tháng tổng hợp báo cáo Tổng cục Hải quan, Bộ Tài chính kết quả xử lý.