TÒA ÁN NHÂN DÂN TỈNH VĨNH LONG

CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự do – Hạnh phúc

Bản án số: 03/2026/DS-PT

Ngày: 05-01-2026

V/v tranh chấp hợp đồng xây dựng

NHÂN DANH

NƯỚC CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM

TÒA ÁN NHÂN DÂN TỈNH VĨNH LONG

Thành phần Hội đồng xét xử phúc thẩm gồm có:

Thẩm phán – Chủ tọa phiên tòa: Ông Lê Thành Trung

Các Thẩm phán: Ông Nguyễn Văn Dũng

Bà Ngô Thị Kim Châu

Thư ký phiên tòa: Bà Huỳnh Thị Hồng Nhả - Thẩm tra viên Tòa án nhân dân tỉnh Vĩnh Long.

Đại diện Viện kiểm sát nhân dân tỉnh Vĩnh Long tham gia phiên tòa: Bà Nguyễn Thị Mỹ Phượng - Kiểm sát viên.

Ngày 05 tháng 01 năm 2026 tại Tòa án nhân dân tỉnh Vĩnh Long xét xử phúc thẩm công khai vụ án thụ lý số 539/2025/TLPT-DS ngày 11 tháng 11 năm 2025 về việc tranh chấp hợp đồng xây dựng.

Do Bản án dân sự sơ thẩm số 147/2025/DS-ST ngày 23/9/2025 của Tòa án nhân dân khu vực 5 – Vĩnh Long bị kháng cáo.

Theo Quyết định đưa vụ án ra xét xử phúc thẩm số 663/2025/QĐ-PT ngày 27 tháng 11 năm 2025, giữa các đương sự:

• - Nguyên đơn: Công ty trách nhiệm hữu hạn X;
• Địa chỉ: A đường Đ, phường B, tỉnh Vĩnh Long.
• Người đại diện theo pháp luật: Bà Ngô Thị Nhất P; chức vụ: Giám đốc;
• Người đại diện theo ủy quyền:
• - Ông Nguyễn Văn T, sinh năm: 1997;
• - Bà Huỳnh Thị D, sinh năm: 1997;
• - Ông Trần Quang K, sinh năm: 1996;
• Cùng địa chỉ liên hệ: A Đường số C, khu dân cư S, phường B, tỉnh Vĩnh Long.
• - Bị đơn: Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Bến Tre.
• Người kế thừa quyền và nghĩa vụ tố tụng: Ban quản lý dự án các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Vĩnh Long.
• Người đại diện theo pháp luật: ông Lê Thanh S, chức vụ: Giám đốc; Địa chỉ trụ sở: A L, phường L, tỉnh Vĩnh Long.
• - Người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan:

• 1. Công ty trách nhiệm hữu hạn X1
• Người đại diện theo pháp luật: Ông Hồ Nhựt L; Chức vụ: giám đốc
• Địa chỉ: 72B1 Đại lộ Đồng Khởi, khu phố 4, phường Phú Khương, tỉnh Vĩnh Long.
• 2. Thuế tỉnh Vĩnh Long;
• Địa chỉ: Số F, tổ C, khóm E, phường L, tỉnh Vĩnh Long.
• - Người kháng cáo: Công ty trách nhiệm hữu hạn X là nguyên đơn.

NỘI DUNG VỤ ÁN:

Theo đơn khởi kiện, quá trình giải quyết vụ án ông Nguyễn Văn T là người đại diện theo ủy quyền của nguyên đơn Công ty trách nhiệm hữu hạn X trình bày và có yêu cầu như sau:

Công ty Trách nhiệm hữu hạn X (sau đây gọi tắt là Công ty X) có ký 02 hợp đồng thi công xây dựng công trình số 01- 2020/AH-HĐXD vào ngày 18/9/2020 và hợp đồng số 01-2019/HĐXD ngày 15/11/2019 với Ban Q các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Bến Tre (sau đây gọi tắt là Ban quản lý dự án) xây dựng công trình Trung tâm Y tế huyện M và Trường THCS T2, huyện T, tỉnh Bến Tre.

Đối với Hợp đồng thi công xây dựng công trình Trung tâm Y tế huyện M. Hợp đồng được giao kết vào ngày 15/11/2019. Đến ngày 10/11/2023 thì công trình được nghiệm thu kết thúc thời gian bảo hành công trình.

Đối với Hợp đồng thi công xây dựng công trình Trường THCS Thạnh Hải huyện T2, tỉnh Bến Tre ký kết ngày 18/9/2020. Đến ngày 22/12/2023, công trình được ký kết nghiệm thu kết thúc thời gian bảo hành công trình.

Trong quá trình xuất hóa đơn thuế giá trị gia tăng để yêu cầu Ban Quản lý dự án có nghĩa vụ thanh toán chi phí theo hợp đồng xây dựng nêu trên thì xảy ra mâu thuẫn trong việc xuất hóa đơn giá trị gia tăng giữa 10% và 8% theo Nghị định số 15/2022/NĐ-CP về chính sách miễn giảm thuế. Công ty X cũng đã thực hiện theo đúng quy định pháp luật về việc xuất hóa đơn giá trị gia tăng 8%. Sau đó, Bạn quản lý dự án không đồng ý việc xuất hóa đơn 8% và có yêu cầu công ty X điều chỉnh hóa đơn thuế suất từ 8% lên 10%. Công ty X cũng đã thực hiện theo yêu cầu này nhưng Ban Quản lý dự án không thực hiện đúng nghĩa vụ của mình liên quan đến thanh toán số tiền còn nợ liên quan đến hợp đồng thi công công trình xây dựng của Công trình xây dựng Trung tâm Y tế huyện M và trường THCS T2, huyện T, tỉnh Bến Tre.

Nay công ty X khởi kiện yêu cầu:

1. Ban quản lý dự án hoàn trả số tiền tính lại thuế giá trị gia tăng (VAT) của công trình xây dựng Trung tâm Y tế huyện M, tỉnh Bến Tre của khối lượng thanh toán đợt 19, 20, 21, 22, tiền tính lại thuế giá trị gia tăng đợt hoàn thành bằng 314.008.371 đồng. Công trình Trường THCS T2, huyện T, tỉnh Bến Tre khối lượng thanh toán đợt 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 và đợt hoàn thành bằng 177.356.907 đồng

Tổng cộng số tiền Công ty X yêu cầu Ban quản lý dự án hoàn trả là 491.365.278 đồng.

2. Áp dụng mức thuế suất giá trị gia tăng 8% của hai công trình nêu trên trong năm thanh toán 2022 và đợt thanh toán hoàn thành. Yêu cầu Thuế tỉnh Vĩnh Long tạm mở cưỡng chế bằng biện pháp ngừng sử dụng hóa đơn để Công ty X xuất hóa đơn điều chỉnh, thay thế cho hóa đơn đã lập sai đối với khối lượng đợt 19, 20, 21, 22, đợt hoàn thành và phát sinh của công trình xây dựng Trung tâm y tế huyện M; khối lượng đợt 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, đợt hoàn thành và phát sinh của Công trình trường THCS T2, huyện T, tỉnh Bến Tre. Trường hợp không thể tạm mở cưỡng chế thì yêu cầu Tòa án kiến nghị Thuế tỉnh Vĩnh Long điều chỉnh thuế suất thuế giá trị gia tăng từ 10% xuống 8% đối với khối lượng đợt 19, 20, 21, 22, đợt hoàn thành và phát sinh của công trình xây dựng Trung tâm y tế huyện M tương ứng với các Hóa đơn số: Hóa đơn giá trị gia tăng số 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52 ngày 11/11/2022. Khối lượng đợt 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, đợt hoàn thành và phát sinh của Công trình trường THCS T2, huyện T, tỉnh Bến Tre tương ứng với các hóa đơn số 44 ngày 10/11/2022; hóa đơn giá trị gia tăng số 53, 54, 55, 56, 57, 58 ngày 11/11/2022; hóa đơn giá trị gia tăng số 59, 60 ngày 30/11/2022.

Ngày 22/9/2025 Công ty X rút một phần yêu cầu khởi kiện về việc buộc Ban quản lý dự án hoàn trả số tiền tính lại thuế giá trị gia tăng là 450.687.070 đồng, yêu cầu Ban quản lý dự án hoàn trả số tiền thuế giá trị gia tăng đối với khối lượng đợt 21 của công trình xây dựng Trung tâm Y tế huyện M với số tiền 19.122.487 đồng; khối lượng đợt 11 của công trình xây dựng trường THCS T2, huyện T với số tiền 12.515.362 đồng; khối lượng đợt 18 của công trình xây dựng trường THCS T2, huyện T với số tiền 9.040.359 đồng. Tổng cộng số tiền mà công ty X yêu cầu Ban quản lý dự án hoàn trả là 40.678.208 đồng;

Theo bản tự khai; các văn bản, tài liệu chứng cứ cung cấp cho Tòa án, bị đơn là Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Bến Tre do ông Phan Văn D1 đại diện theo ủy quyền trình bày:

Dự án Trung tâm Y tế huyện M được Ban quản lý dự án và Liên danh Công ty X và Công ty X1 ký kết Hợp đồng xây lắp số 01- 2019/HĐXD ngày 15 tháng 11 năm 2019 và các phụ lục hợp đồng số 01A- 2019/PLHĐ ngày 25/5/2019; 01B- 2019/PLHĐ ngày 09/11/2021; 01C-2019/PLHĐ ngày 22/4/2022; 01D- 2019/PLHĐ ngày 26/8/2022 về việc thi công gói thầu thi công xây dựng công trình. Tiến độ thực hiện từ ngày 20/11/2019 và kết thúc hoàn thành công trình ngày 31/8/2022.

Từ ngày 10/6/2022 đến ngày 31/8/2022, Ban quản lý dự án có nghiệm thu khối lượng từ đợt 19,20,21,22 và hoàn thành + phát sinh với tổng số tiền là 17.270.460.393 đồng với thuế suất GTGT theo hợp đồng đã ký là 10% nhưng Công ty đã xuất hóa đơn từng đợt từ đợt 19, 20, 21, 22 và hoàn thành + phát sinh với thuế suất giá trị gia tăng là 8% trong đó không làm giảm giá trị khối lượng thanh toán là chưa phù hợp với hợp đồng đã ký, số đúng nếu xuất hóa đơn với thuế suất giá trị gia tăng 8% thì tổng số tiền là 16.956.452.022 đồng. Vì vậy, Ban quản lý dự án đã yêu cầu Công ty xuất lại hóa đơn điều chỉnh thuế suất giá trị gia tăng là 10% cho đúng với giá trị khối lượng đã nghiệm thu từ đợt 19,20,21,22 và hoàn thành + phát sinh và ngày 11/11/2022 Công ty đã thực hiện điều chỉnh thay thế các hóa đơn đã xuất thuế suất giá trị gia tăng từ 8% lên thuế suất giá trị gia tăng 10%. Ngày 23/5/2024, Ủy Ban nhân dân tỉnh có Quyết định số 1132/QĐ-UBND về việc phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành công trình Trung Tâm y tế huyện M, trong đó có thu hồi giá trị chi phí xây dựng là 314.008.371 đồng.

Tương tự, dự án Trường THCS T2, huyện T được Ban Q và Công ty X ký kết Hợp đồng xây lắp số 01-2020/AH-HĐXD ngày 18 tháng 9 năm 2020 và các phụ lục hợp đồng kèm theo. Tiến độ thực hiện từ ngày 24/9/2020 và kết thúc hoàn thành công trình ngày 25/11/2022. Từ ngày 24/3/2022 đến ngày 25/11/2022, Ban quản lý dự án có nghiệm thu khối lượng từ đợt 11,12,13,14,15,16,17,18 và đợt hoàn thành + phát sinh với tổng số tiền là 9.754.629.861 đồng với thuế suất giá trị gia tăng theo hợp đồng đã ký là 10% nhưng Công ty đã xuất hóa đơn từng đợt từ đợt 11,12,13,14,15,16 cộng phát sinh với thuế suất giá trị gia tăng là 8% trong đó không làm giảm giá trị khối lượng là chưa phù hợp với số tiền là 7.011.273.131đồng. Vì vậy, Ban quản lý dự án đã yêu cầu Công ty xuất lại hóa đơn điều chỉnh thuế suất giá trị gia tăng là 10% cho đúng với giá trị khối lượng khối lượng đã nghiệm thu từ đợt 11,12,13,14,15,16 cộng phát sinh. Ngày 11/11/2022 Công ty đã thực hiện điều chỉnh thay thế các hóa đơn đã xuất với thuế suất giá trị gia tăng 8% lên thuế suất giá trị gia tăng 10%

Ngày 05/12/2023 Ủy ban nhân dân tỉnh có Quyết định số 2813/QĐ-UBND về việc phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành trường THCS T2, huyện T trong đó thu hồi số tiền là 205.680.702 đồng (Trong đó cắt giảm theo kiểm toán độc lập là 28.323.795 đồng; cắt giảm thuế do tính lại thuế suất thuế giá trị gia tăng 8% đối với các hóa đơn từ 01/02/2022 đến 31/12/2022 là 177.356.907 đồng). Các bên chưa có văn bản thỏa thuận nào để thực hiện việc điều chỉnh thuế suất giá trị gia tăng từ 10% xuống còn 8%. Do đó, để thực hiện công tác quyết toán tất toán các dự án hoàn thành theo quy định và căn cứ vào Quyết định phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành của cấp có thẩm quyền. Ngày 04/10/2024, Ban quản lý dự án đã trích số tiền tạm giữ chờ quyết toán từ dự án Trung tâm Y tế M của Công ty là 640.824.116 đồng để nộp vào ngân sách nhà nước số tiền phải thu là 314.008.371 đồng theo Quyết định số 1132/QĐ-UBND ngày 23/5/2024, giá trị còn lại đã chuyển trả cho Công ty với số tiền là 326.815.745 đồng. Ngày 04/10/2024 Ban Q đã trích số tiền tạm giữ chờ quyết toán từ dự án Trường THCS T2, huyện T là 213.697.000 đồng để nộp vào ngân sách nhà nước số tiền phải thu là 213.635.702 đồng, trong đó cắt giảm theo kiểm toán độc lập là 28.323.795 đồng; cắt giảm thuế do tính lại thuế suất thuế giá trị gia tăng 8% đối với các hóa đơn từ 01/02/2022 đến 31/12/2022 là 177.356.907 đồng; thu hồi nộp ngân sách nhà nước theo kết luận KTNN-TH số 54 ngày 31/5/2024 là 7.955.000 đồng, giá trị còn lại đã chuyển trả cho Công ty với số tiền là 61.298 đồng.

Mặc dù thời điểm thực hiện 02 hợp đồng nêu trên có nằm trong thời gian thực hiện giảm chính sách thuế từ thuế suất giá trị gia tăng 10% xuống còn thuế suất giá trị gia tăng 8% theo Nghị định 15/2022/NĐ-CP ngày 28/01/2022 của Chính Phủ về việc quy định chính sách miễn, giảm thuế theo Nghị quyết số 43/2022/QH15 của Quốc hội về chính sách tài khóa, tiền tệ hỗ trợ chương trình phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội, nhưng Ban quản lý dự án và Công ty X chưa thực hiện ký phụ lục hợp đồng để áp dụng việc giảm thuế suất như Nghị định. Vì vậy, Công ty X đã xuất hóa đơn với thuế suất giá trị gia tăng 8% trong khi Ban quản lý dự án đã nghiệm thu thanh toán khối lượng từng đợt cho Công ty X với thuế suất giá trị gia tăng 10% là chưa đúng với khối lượng nghiệm thu thực tế. Qua đó Ban quản lý dự án đã gửi công văn yêu cầu Công ty X phối hợp với Ban quản lý dự án để thực hiện điều chỉnh hóa đơn đúng theo yêu cầu nộp trả ngân sách theo Quyết định quyết toán dự án hoàn thành của cơ quan có thẩm quyền nhưng Công ty X vẫn chưa thống nhất. Được biết, căn cứ nội dung công văn số 2238/CTBTR-TTHT ngày 25/7/2024 của Cục thuế tỉnh về việc chính sách thuế do Công ty X đang bị cưỡng chế bằng biện pháp ngừng sử dụng hóa đơn theo quy định tại khoản 2 Điều 13 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP nên Công ty X không xuất hóa giảm thuế suất giá trị gia tăng từ 10% xuống còn thuế suất giá trị gia tăng 8% theo yêu cầu của Ban quản lý dự án theo văn bản số 1775/BQLXD-TCKH ngày 09/9/2024. Việc này do Công ty X vi phạm các quy định về thực hiện chính sách thuế của Nhà nước nên Công ty X không được xuất hóa đơn theo yêu cầu. Vì vậy, Ban quản lý dự án không đồng ý với yêu cầu khởi kiện của nguyên đơn.

Tại Văn bản số 07-2025/VBNL ngày 07/7/2025, người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan là Công ty X1 (công ty X1) trình bày: Giữa ban quản lý dự án và Liên danh công ty X và Công ty X1 có ký hợp đồng thi công công trình Trung tâm y tế huyện M. Trong thời gian thực hiện thi công dự án trên, mặc dù còn nằm trong thời gian thực hiện chính sách giảm thuế từ 10% xuống còn 8% theo Nghị định 15/2022/NĐ-CP ngày 28/01/2022 của Chính phủ nhưng giữa các bên chưa ký hợp đồng phụ lục nào để thực hiện việc giảm thuế suất cho dự án nêu trên. Công ty vẫn thực hiện theo các điều khoản hợp đồng và không có khó khăn vướng mắc gì trong quá trình triển khai thực hiện dự án.

Tại Văn bản số 347/VLO-QLDN3 ngày 13/8/2025, người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan là T1 tỉnh Vĩnh Long trình bày: Thuế tỉnh Vĩnh Long đã có văn bản hướng dẫn rõ về việc áp dụng mức thuế suất thuế giá trị gia tăng được giảm đối với Công ty X theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng. Thuế tỉnh Vĩnh Long không phải là người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan đến vụ án. Thuế tỉnh Vĩnh Long sẽ tạm mở cưỡng chế bằng biện pháp ngừng sử dụng hóa đơn để Công ty X xuất hóa đơn điều chỉnh, thay thế cho hóa đơn đã lập sai sót khi Thuế tỉnh V nhận được văn bản kết luận của Tòa án nhân dân khu vực 5 – Vĩnh Long.

Tại Bản án dân sự sơ thẩm số 147/2025/DS-ST ngày 23 tháng 9 năm 2025 của Tòa án nhân dân khu vực 5 – Vĩnh Long đã tuyên xử:

Căn cứ khoản 2 Điều 26, điểm a khoản 1 Điều 35, điểm c khoản 1 Điều 39; các Điều 147, 217, 218, 227, 228, 271, 273 Bộ luật Tố tụng dân sự năm 2015;

Áp dụng các Điều 166 Bộ luật Dân sự năm 2015;

Áp dụng Điều 26 Nghị quyết số 326/NQ- UBTVQH14 ngày 30/12/2016 quy định về mức thu, miễn, giảm, thu, nộp, quản lý và sử dụng án phí và lệ phí Tòa án.

Tuyên xử:

1. Không chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Công ty Trách nhiệm hữu hạn X về việc yêu cầu Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Bến Tre hoàn trả số tiền tính lại thuế giá trị gia tăng là 40.678.208 (Bốn mươi triệu sáu trăm bảy mươi tám nghìn hai trăm lẻ tám đồng).
2. Đình chỉ giải quyết yêu cầu khởi kiện của nguyên đơn Công ty Trách nhiệm hữu hạn X về việc yêu cầu Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Bến Tre hoàn trả số tiền tính lại thuế giá trị gia tăng là 450.687.070 (Bốn trăm năm mươi triệu sáu trăm tám mươi bảy nghìn không trăm bảy mươi đồng).
3. Đình chỉ yêu cầu của Công ty Trách nhiệm hữu hạn X về việc áp dụng mức thuế suất giá trị gia tăng 8%, yêu cầu Thuế tỉnh Vĩnh Long tạm mở cưỡng chế bằng biện pháp ngừng sử dụng hóa đơn đối với khối lượng đợt 19, 20, 21 và 22 đợt hoàn thành + phát sinh của Công trình xây dựng Trung tâm Y tế huyện M và khối lượng đợt 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17 và 18 đợt hoàn thành + phát sinh của công trình trường THCS T2, huyện T, tỉnh Bến tre; yêu cầu Tòa án kiến nghị Thuế tỉnh Vĩnh Long điều chỉnh thuế suất giá trị gia tăng từ 10% xuống 8% đối với khối lượng đợt 19, 20, 21, 22, đợt hoàn thành + phát sinh của công trình xây dựng Trung tâm y tế huyện M và khối lượng đợt 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, đợt hoàn thành + phát sinh của công trình trường THCS T2, huyện T, tỉnh Bên Tre.

Ngoài ra án sơ thẩm còn tuyên tiền án phí và quyền kháng cáo của các đương sự.

Ngày 06/10/2025 Công ty Trách nhiệm hữu hạn X kháng cáo yêu cầu sửa Bản án số 147/2025/DS-ST ngày 23/9/2025 của Tòa án nhân dân khu vực 5 – Vĩnh Long, chấp nhận yêu cầu khởi kiện của nguyên đơn.

Tại phiên tòa phúc thẩm nguyên đơn vẫn giữ nguyên yêu cầu khởi kiện, yêu cầu kháng cáo, các đương sự không cung cấp thêm chứng cứ mới không thỏa thuận được với nhau việc giải quyết vụ án.

Ý kiến của đại diện Viện kiểm sát nhân dân tỉnh Vĩnh Long về vụ án:

Về thủ tục tố tụng: Quá trình giải quyết vụ án, Thẩm phán đã chấp hành đúng các quy định về thụ lý vụ án, thẩm quyền giải quyết, xác định đúng quan hệ pháp luật tranh chấp, tư cách đương sự, bảo đảm quyền và nghĩa vụ của các bên đương sự. Tại phiên tòa Hội đồng xét xử, Thư ký và các đương sự thực hiện đúng quyền và nghĩa vụ theo quy định của pháp luật.

Về nội dung vụ án: Kháng cáo của công ty Trách nhiệm hữu hạn X không có cơ sở chấp nhận đề nghị Hội đồng xét xử căn cứ quy định tại khoản 1 Điều 308 Bộ luật tố tụng dân sự giữ nguyên bản án sơ thẩm.

Về án phí phúc thẩm: Công ty TNHH X phải chịu theo quy định pháp luật.

NHẬN ĐỊNH CỦA TÒA ÁN:

Căn cứ các tài liệu, chứng cứ đã được thẩm tra, căn cứ vào kết quả tranh tụng tại phiên tòa trên cơ sở xem xét đầy đủ toàn diện chứng cứ, ý kiến của các bên đương sự và Kiểm sát viên, Hội đồng xét xử nhận định:

[1] Về tố tụng: Toà án cấp sơ thẩm xác định quan hệ pháp luật là Tranh chấp đòi lại tài sản theo Điều 166 Bộ Luật dân sự là không đúng. Giữa Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Bến Tre và Công ty Trách nhiệm hữu hạn X có ký hợp đồng xây dựng công trình Trung tâm y tế huyện M, và công trình Trường THCS T2, huyện T, trong quá trình thanh toán các bên tranh chấp khối lượng tính thuế giá trị gia tăng 10% giảm xuống 8% trong các đợt thanh toán năm 2022. Nên đây là tranh chấp hợp đồng về hợp đồng dân sự theo khoản 3 Điều 26 Bộ luật tố tụng dân sự nên cấp phúc thẩm sửa quan hệ pháp luật tranh chấp là tranh chấp hợp đồng xây dựng. Xét đơn kháng cáo của nguyên đơn còn trong thời hạn luật định nên được Hội đồng xét xử phúc thẩm xem xét chấp nhận xét xử theo thủ tục phúc thẩm.

[2] Về nội dung: Xét kháng cáo của Công ty Trách nhiệm hữu hạn X yêu cầu sửa Bản án số 147/2025/DS-ST ngày 23/9/2025 của Tòa án nhân dân khu vực 5 – Vĩnh Long, yêu cầu Ban Q xây dựng các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Bến Tre hoàn trả số tiền tính lại thuế giá trị gia tăng là 40.678.208 đồng.

Theo hợp đồng thi công xây dựng công trình Trung tâm y tế huyện M số 01-2019/HĐXD ngày 15/11/2019 giữa Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Bến Tre và Liên danh Công ty X và Công ty X1 và hợp đồng thi công xây dựng công trình Trường THCS T2, huyện T 01-2020/AH-HD-XD giữa Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Bến Tre và Công ty Trách nhiệm hữu hạn X. Theo Điều 8 của hai hợp đồng tổng giá trị hợp đồng bao gồm thuế VAT, hợp đồng đơn giá cố định. Theo khoản 8.3 Điều 8 của hai hợp đồng các bên thỏa thuận như sau:

“Thanh toán theo đơn giá đã ký kết trong hợp đồng.

- Hồ sơ thanh toán: Theo quy định.

- Nhà thầu sẽ xuất hóa đơn tài chính cho chủ đầu tư theo giá trị hợp đồng của mình.

- Mức thanh toán: Chủ đầu tư sẽ thanh toán cho nhà thầu 90% giá trị quyết toán hợp đồng, về số tiền tạm giữ lại bảo hành 5% và chờ quyết toán là 5% giá trị thực hiện sẽ được Chủ đầu tư giữ lại bằng cách khấu trừ vào đợt thanh toán cuối cùng. Số tiền giữ lại sẽ được Chủ đầu tư gửi vào tài khoản của Chủ đầu tư tại Ngân hàng TMCP Đ chi nhánh B. Sau khi được quyết toán, Chủ đầu tư sẽ trả cho Nhà thầu cả gốc và lãi theo mức lãi suất tiền gửi không kỳ hạn của Ngân hàng."

[3] Ngày 11/01/2023 Ban Q các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Bến Tre và Liên danh Công ty X và Công ty X1 do Công ty X đứng đầu liên danh ký biên bản thanh lý hợp đồng công trình dự án Trung tâm y tế huyện M giá trị thanh toán và thanh lý hợp đồng 64.082.411.625 đồng. Chủ đầu tư đã thanh toán cho nhà thầu 63.441.587.509 đồng. Giá trị chủ đầu tư phải thanh toán cho nhà thầu 640.824.116 đồng (Chủ đầu tư tạm giữ 1% chờ quyết toán).

Ngày 23/5/2024 Ủy ban nhân dân tỉnh B có Quyết định số 1132/QĐ-UBND phê duyệt quyết toán dự án công trình Trung tâm y tế huyện M, trong đó thu hồi giá trị chi phí xây dựng 314.008.971 đồng. Số tiền tạm giữ 640.824.116 đồng Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Bến Tre đã nộp trả kinh phí 314.008.371 đồng còn lại 326.815.745 đồng Ban quản lý dự án đã chuyển trả cho Công ty X.

[4] Ngày 28/4/2023 giữa Ban Q các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Bến Tre và Công ty trách nhiệm hữu hạn X ký biên bản thanh lý hợp đồng xây dựng công trình Trường THCS T2, huyện T. Giá trị thanh lý hợp đồng 21.341.412.603 đồng. Nhà thầu đã thanh toán 21.369.736.398 đ. Chủ đầu tư còn giữa lại 213.697.000 đồng chờ quyết toán dự án. Ngày 22/12/2023 hai bên ký biên bản nghiệm thu bảo hành công trình.

Ngày 05/12/2023 Ủy ban nhân dân tỉnh B có Quyết định số 2813/QĐ-UBND phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành trường THCS T2, huyện T trong đó thu hồi số tiền 205.680.702 đồng (cắt giảm theo kiểm toán độc lập 28.323.795 đồng, cắt giảm thuế suất GTGT xuống 8% của năm 2022 bằng 177.356.907 đồng). Ban quản lý dự án đã thu hồi nộp Ngân sách theo quyết định phê duyệt quyết toán và kết luận kiểm toán Nhà nước, còn lại 61.298 đồng Ban quản lý dự án đã chi trả cho công ty.

[5] Theo quy định Nghị định số 15/2022/NĐ-CP ngày 28/01/2022 của Chính phủ quy định chính sách miễn, giảm thuế theo Nghị quyết số 43/2022/QH15 của Quốc hội về chính sách tài khóa, tiền tệ hỗ trợ chương trình phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội thì các công trình được nghiệm thu bàn giao hạng mục hoàn thành từ ngày 01/2/2022 đến 31/12/2022 được áp dụng thuế giá trị gia tăng 8%.

Căn cứ Điều 143 Luật xây dựng và hợp đồng ký kết trong quá trình thực hiện các bên có quyền đề nghị điều chỉnh hợp đồng. Trong quá trình thực hiện hợp đồng Ban Q xây dựng các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Bến Tre và Công ty Trách nhiệm hữu hạn X đã ký phụ lục hợp đồng số 01E-2019/PLHĐ ngày 31/8/2002 công trình Trung tâm y tê huyện M.

Theo hợp đồng ký kết giá trị hợp đồng bao gồm thuế giá trị gia tăng bên nhà thầu phải xuất hóa đơn cho chủ đầu tư. Việc xuất hóa đơn 8% hay 10% do nhà thầu chịu trách nhiệm theo quy định của pháp luật. Trong quá trình thực hiện các bên có lập biên bản xử lý hóa đơn điện tử có sai sót theo đúng quy định của Thông tư số 78/2021/TT/BTC. Đồng thời Cục Thuế tỉnh V cũng có văn bản hướng dẫn cho Công ty X thực hiện việc kê khai thuế theo quy định. Việc Công ty X không thực hiện được việc xuất hóa đơn đã điều chỉnh thuế do bị cục thuế xử lý hành chính vi phạm thuế là lỗi của Công ty X. Đồng thời khoản 1 Điều 47 của Luật quản lý thuế quy định: Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.

Do đó Công ty X được quyền kê khai thuế giá trị gia tăng năm 2022 lại theo quy định của pháp luật.

Từ những căn cứ nêu trên yêu cầu kháng cáo của Công ty X buộc Ban Q các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Bến Tre phải trả số tiền 19.122.487 đồng tiền tính chênh lệch thuế đợt thanh toán thứ 21 của công trình Trung tâm y tế huyện M, khối lượng đợt 11 của công trình xây dựng trường THCS T2, huyện T với số tiền 12.515.362 đồng; khối lượng đợt 18 của công trình xây dựng trường THCS T2, huyện T với số tiền 9.040.359 đồng là không có cơ sở để chấp nhận.

[6] Ý kiến của vị đại diện Viện kiểm sát nhân dân tỉnh Vĩnh Long là có căn cứ nên được chấp nhận.

Các quyết định khác của bản án sơ thẩm không có kháng cáo kháng nghị tiếp tục có hiệu lực thi hành.

[7] Về án phí phúc thẩm: Yêu cầu kháng cáo của Công ty trách nhiệm hữu hạn X không được chấp nhận nên phải chịu án phí theo quy định của pháp luật.

Vì các lẽ trên;

QUYẾT ĐỊNH:

Căn cứ vào khoản 1 Điều 308 của Bộ luật Tố tụng dân sự năm 2015;

Căn cứ Điều 47 Luật quản lý thuế năm 2019;

Căn cứ Nghị định số 15/2022/NĐ-CP ngày 28/01/2025 của Chính phủ quy định chính sách miễn, giảm thuế theo Nghị quyết số 43/2022/QH15 của Quốc hội về chính sách tài khóa, tiền tệ hỗ trợ chương trình phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội

Căn cứ Thông tư số 78/2021/TT/BTC ngày 17/9/2021 của Bộ T3;

Căn cứ Nghị quyết số 326/2016/UBTVQH14 ngày 30/12/2016 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội quy định về mức thu, miễn, giảm, thu, nộp, quản lý và sử dụng án phí và lệ phí Tòa án.

• - Không chấp nhận yêu cầu kháng cáo của Công ty Trách nhiệm hữu hạn X.

Giữ nguyên bản án số 147/2025/DS-ST ngày 23/9/2025 của Tòa án nhân dân khu vực 5 – Vĩnh Long.

Tuyên xử:

• - Không chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Công ty Trách nhiệm hữu hạn X về việc yêu cầu Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Bến Tre hoàn trả số tiền tính lại thuế giá trị gia tăng là 40.678.208 đồng.

Về án phí phúc thẩm: Công ty Trách nhiệm hữu hạn X phải chịu 300.000 đồng. Công ty Trách nhiệm hữu hạn X đã nộp 300.000 đồng tiền tạm ứng án phí phúc thẩm theo biên lai thu số 0004261 ngày 06/10/2025 của Thi hành án dân sự tỉnh Vĩnh Long nên cấn trừ.

Bản án phúc thẩm có hiệu lực pháp luật kể từ ngày tuyên án.

THÀNH VIÊN HỘI ĐỒNG XÉT XỬ	THẨM PHÁN – CHỦ TỌA PHIÊN TÒA
Ngô Thị Kim Châu Nguyễn Văn Dũng	Lê Thành Trung

Nơi nhận: - VKSND tỉnh Vĩnh Long; - TAND khu vực 5 - Vĩnh Long; - Phòng THADS khu vực 5 – Vĩnh Long; - Các đương sự (theo địa chỉ); - Lưu: TDS, hồ sơ vụ án.

TM. HỘI ĐỒNG XÉT XỬ PHÚC THẨM THẨM PHÁN – CHỦ TỌA PHIÊN TÒA Lê Thành Trung