Công văn 6093/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng liên quan đến công tác hoàn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa của các doanh nghiệp. Văn bản này tập trung tháo gỡ các vướng mắc, thống nhất quy trình thực hiện và đảm bảo quyền lợi hợp pháp cho người nộp thuế theo đúng quy định của pháp luật hải quan hiện hành.

Dưới đây là tóm tắt chi tiết các nội dung cốt lõi và hướng dẫn nghiệp vụ được quy định tại Công văn 6093/TCHQ-TXNK:

- Nguyên tắc và điều kiện xác định hàng hóa được hoàn thuế nhập khẩu

• Hàng hóa nhập khẩu đã nộp thuế nhập khẩu nhưng sau đó phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài, tái xuất sang nước thứ ba hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan được xem xét hoàn thuế theo quy định.
• Hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng hóa xuất khẩu và đã xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan.
• Doanh nghiệp phải chứng minh được quyền sở hữu, tính hợp pháp của nguồn hàng và thực tế hàng hóa chưa qua sử dụng tại Việt Nam đối với các trường hợp tái xuất nguyên trạng.
• Quy trình kiểm tra tính trung thực, chính xác của hồ sơ khai báo hải quan và các chứng từ kèm theo là điều kiện tiên quyết để cơ quan hải quan ra quyết định hoàn thuế.

- Hồ sơ đề nghị hoàn thuế nhập khẩu theo hướng dẫn

• Công văn yêu cầu người nộp thuế chuẩn bị đầy đủ bộ hồ sơ hoàn thuế bao gồm: Công văn yêu cầu hoàn thuế nộp thừa theo mẫu quy định, tờ khai hải quan nhập khẩu và xuất khẩu (bản chính hoặc bản sao có xác nhận), chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
• Hợp đồng mua bán hàng hóa, hợp đồng gia công hoặc các chứng từ chứng minh việc giao nhận hàng hóa với đối tác nước ngoài.
• Báo cáo tính toán định mức thực tế sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu đối với trường hợp nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu.
• Các tài liệu kỹ thuật, hóa đơn thương mại và chứng từ vận tải liên quan trực tiếp đến lô hàng đề nghị hoàn thuế.

- Quy trình tiếp nhận và xử lý hồ sơ của cơ quan Hải quan

• Cơ quan hải quan nơi phát sinh nghĩa vụ thuế có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra tính đầy đủ và hợp lệ của hồ sơ hoàn thuế do doanh nghiệp nộp.
• Phân loại hồ sơ hoàn thuế thành hai nhóm: Nhóm thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau và nhóm thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau để áp dụng quy trình nghiệp vụ phù hợp.
• Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế được thực hiện nghiêm túc theo quy định của Luật Quản lý thuế, tránh gây phiền hà, kéo dài thời gian cho doanh nghiệp.
• Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ hoặc cần giải trình, cơ quan hải quan phải thông báo bằng văn bản một lần cho doanh nghiệp để bổ sung, hoàn thiện.

- Xử lý các vướng mắc phát sinh và nghĩa vụ của người nộp thuế

• Đối với các trường hợp phát sinh vướng mắc về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, Tổng cục Hải quan hướng dẫn cụ thể các phương thức thanh toán bù trừ, thanh toán ba bên hợp pháp được chấp nhận khi hoàn thuế.
• Doanh nghiệp có nghĩa vụ khai báo trung thực, chính xác và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính hợp pháp của các số liệu, chứng từ cung cấp cho cơ quan hải quan.
• Trường hợp phát hiện hành vi gian lận, giả mạo hồ sơ để trục lợi tiền hoàn thuế, cơ quan hải quan sẽ xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật hành chính hoặc chuyển cơ quan điều tra xử lý hình sự.