Kính gửi: Thuế thành phố Hà Nội.

Ngày 17/9/2025 Cục Thuế nhận được một số công văn số 12639/HAN-NVDTPC ngày 22/8/2025 của Thuế thành phố Hà Nội hỏi về thuế GTGT dự án thành phần 3 thuộc Dự án đầu tư xây dựng đường Vành đai 4 - Vùng Thủ đô Hà Nội, về việc này Cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Về việc hoàn thuế GTGT dự án PPP xây dựng đường cao tốc theo hình thức BOТ

Tại khoản 2 Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 (hiệu lực từ ngày 01/7/2025), khoản 1 Điều 30, khoản 1 Điều 39 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT (hiệu lực từ ngày 01/7/2025) quy định về hoàn thuế đối với đầu tư và điều khoản chuyển tiếp áp dụng quy định hoàn thuế đối với đầu tư.

Căn cứ điểm a khoản 1 Điều 45 Luật Đầu tư số 64/2020/QH14 quy định loại hợp đồng dự án PPP, căn cứ Điều 2, Điều 3 Thông tư số 45/2013/TT-BTC ngày 25/4/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về chế độ quản lý, sử dụng và trích khấu hao tài sản cố định, quy định tại Thông tư số 200/2014/TT-BTC ngày 22/12/2014 của Bộ Tài chính quy định về chế độ kế toán doanh nghiệp, Thông tư số 99/2025/TT-BTC ngày 27/10/2025 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ kế toán;

Căn cứ quy định, hướng dẫn nêu trên: Cơ sở kinh doanh đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư (không phân biệt phương thức đầu tư), dự án đầu tư hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp và có số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được xem xét hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư nếu đáp ứng các điều kiện về hoàn thuế theo quy định.

2. Về cơ quan thuế tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT

Căn cứ Điều 30 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP và Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP của Chính phủ, để có cơ sở xác định cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ khai thuế và giải quyết hoàn thuế GTGT của dự án theo quy định tại Điều 11 của Nghị định 126/2020/NĐ-CP, đề nghị Thuế Thành phố Hà Nội rà soát, làm rõ mô hình tổ chức thực hiện dự án. Trường hợp Liên danh nhà đầu tư có thành lập doanh nghiệp dự án hoặc có tổ chức trực tiếp quản lý, thực hiện dự án (như chi nhánh hoặc Ban quản lý dự án) thì việc kê khai, hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư thực hiện tại cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư và doanh nghiệp dự án hoặc tổ chức quản lý dự án theo quy định. Trường hợp Liên danh nhà đầu tư không thành lập doanh nghiệp dự án, chi nhánh hoặc Ban quản lý dự án để trực tiếp quản lý thực hiện dự án, đề nghị Thuế Thành phố Hà Nội nghiên cứu quy định về địa điểm nộp hồ sơ khai thuế đối với dự án đầu tư tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP để hướng dẫn người nộp thuế thực hiện.

3. Về việc chuẩn bị mặt bằng xây dựng

Căn cứ Điều 56 Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư năm 2020, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh có trách nhiệm chủ trì tổ chức bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và hoàn thành thủ tục giao đất, cho thuê đất, bàn giao mặt bằng để thực hiện dự án theo quy định của pháp luật.

Đề nghị Thuế thành phố Hà Nội báo cáo Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội để Ủy ban chỉ đạo cơ quan có thẩm quyền tổ chức thực hiện theo đúng quy định nêu trên đối với Dự án thành phần 3 thuộc Dự án đầu tư xây dựng đường Vành đai 4 - Vùng Thủ đô Hà Nội. Về việc kiến nghị hoàn thuế GTGT, đề nghị Thuế thành phố Hà Nội căn cứ quy định của pháp luật thuế GTGT, đầu tư, kế toán nêu trên để xác định dự án có đủ điều kiện hoàn thuế theo pháp luật thuế GTGT hay không (trong đó lưu ý điều kiện có hình thành tài sản cố định theo quy định tại Thông tư số 45/2013/TT-BTC ngày 25/4/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về chế độ quản lý, sử dụng và trích khấu hao tài sản cố định, quy định tại Thông tư số 200/2014/TT-BTC ngày 22/12/2014 của Bộ Tài chính quy định về chế độ kế toán doanh nghiệp, Thông tư số 99/2025/TT-BTC ngày 27/10/2025).

Cục Thuế có ý kiến để Thuế thành phố Hà Nội biết./.